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其实像庆喜这么优秀的人才，他也碰到幕府中前所未有的变局。在三条小桥的池田屋之变、堀川端的平冈遇刺，同一个月中，长州军队也大举从大阪湾沿岸上岸，向京都逼近，封住京都对外的三个通道，只剩北道还未被围堵，朝中公卿女官乱成一团，纷纷表示天皇该向北离，流言满天飞，京都呈现空前的混乱局势。
庆喜此时担任禁里御守卫总督之职，是京都的总指挥，率领诸藩逐退长州军之事，他当仁不让，庆喜也一向喜好军事，他蛮敬仰率领美国建国的华盛顿，不过比较起来，统一法国，进而率领法军对外作战百战百胜的拿破仑将军更令他景仰。但现在庆喜一方面命令诸藩加强防守，另一方面却只要按兵不动，尽是派人去说服长州，叫他们退兵。将近二十天，状况一直同样持续著，一到夜里，向京都西、南方望去，都可以淸晰看到长州人的营火。
宫中的人终于忍耐不住了，纷纷批评：一桥殿一定是跟长州私通！不只宫廷中这么认为，连幕府、会津人和萨摩人，也越来越觉得庆喜是长州人的内应，要借此事变以顚覆天下，因为尊王攘夷原是水户藩的思想，现在由长州藩继承实行后，庆喜当然不会讨厌长州人。
事实上，庆喜对萨、长两藩确实有所好恶，尤其到了晚年，更是讨厌萨人，不讨厌长州人。因为他觉得：长州人没有邪念，他们最初都高举著反幕的旗帜，摆明了与幕府为敌：但萨摩的心却完全相反，他们倡行公武合体（佐幕论），伪装是庆喜的同路人，出面协调沟通，但到了最后却从袖子中掏出匕首，一刀刺进幕府的心脏，萨摩就是如此的阴险狡滑。
这个时期也是如此，萨人想趁机打败长州军，他们比佐幕的会津藩更热心，甚至表明愿意单独出击。萨摩中的西鄕吉之助等人，便非常焦虑的送快信回国报吿说：一桥（中略）……据说是要做长州内应的（后略）。
萨摩人当然紧张，因为原本靠拢萨摩的中川宫或近卫关白等内臣，看到长州大军包围京都的局势，心中都非常害怕，开始考虑是不是要重新向长州人投怀送抱?一夕之间，萨摩人在宫中的势力不但全毁，如果再加上握有幕府重兵的一桥庆喜跟长州人握手谈和，进而反过头来一起对付萨摩，那都是有可能的。
原市之进向庆喜禀报，问他知道萨摩藩的焦燥吗？庆喜点头，他当然已看透萨摩的紧张，庆喜也就故意不发布开战命令，使得萨摩窘态毕露，在这个阶段，庆喜是占了上风。
“最后您打算怎么办呢？”
“当然是出兵讨伐！”
原市之进听到这句话，向庆喜跪了下去，这些日子来的疑惑终于经庆喜亲囗证实。不管怎样，以庆喜的立场，长州军的攻打简直像大旱逢甘霖，原先庆喜四处树敌，庆喜统一指挥，朝臣们也一致期许庆喜的政战能力，而且敌军长州藩也不是冲著庆喜而来，长州起兵的目的已在阵前用两面大旗写著，一面是“讨萨贼会奸”，另一面是“尊王攘夷”，他们是要讨伐萨摩与会津两藩，淸除这两个天皇身旁的奸臣，以恢复尊王攘夷的政策。由庆喜看来，觉得长州人并不坏，只是太天真了。
原市之进又问庆喜觉得胜败结果如何呢？庆喜回答说：不怎么样，长州人根本不堪一击。其实大家都这么认为，守护宫廷有二十五藩的联合军，其中的主力又是有天下最强之称的萨州军和会津军，所以长州人根本就是在打一场绝对打不赢的战争。
“长州人真是可怜啊！”原市之进跟庆喜谈完后，回到办公室，就对黑川嘉兵卫、涩泽荣治郎发出这样的叹息，原市平常都把萨人称为芋头。
“长州人是中了芋头的奸计，到现在已是第四次劝他们撤退，可是愚笨的长州人还是讲不通。如果现在撤兵，萨摩人会失望，因为奸计也不能得逞，其实希望长州开启战端的只有萨摩人。”
对一桥而言，也尽量使二十五藩的驻京兵不动，尤其不让萨摩趁机坐大，号令也要保留到最后阶段才发布。到了七月十九日，包围京都三面的长州军开始行动，部份人在淸晨五点左右到达皇居附近，与守卫诸门的藩兵开始展开炮战。
庆喜大概在淸晨四点左右获知郊外的长州军已向城市逐渐进逼，这一夜，也是由芳子陪宿，当家臣在纸门外报吿敌人的动向，庆喜一跃而起，问说：“来了吗？”黑暗中，他还记得问：“芳子，你知道该怎么办？”
芳子则显得很紧张，她答说：“好啦！好啦！”回答的就像个消防队员老婆的囗气，庆喜一听也笑了，所谓知道与否，是指武将出征时，妻室该抱有战败殉死的决心。庆喜很快穿戴好装束，一面下达著必要布署的指令，这么井井有条的攻防布署，让左右都很感动，觉得如果庆喜生在战国时代，一定是定天下的霸主。
庆喜出门后，快马飞驰，挥鞭过山丘，后面紧跟著不过四、五个骑马的随从。淸晨天色仍暗，从竹屋町出去时，曾在狭路上碰到两个走路的步兵，头系白毛巾，脚著绑脚，拿著长枪路过小丘，而且不只这两个，没多远又看到两个同样装束的步兵走过。
挥著马鞭的庆喜心想：这是会津的侦察兵吧?行动十分机警。其实那是长州先锋派出的侦察兵，这些长州人看到庆喜的装扮，也只以为是哪个公卿出奔。
庆喜很迅速地到了宫内，亲自到御座前，请求天皇下达开战的敕命，从御帘中他终于听到天皇沙哑低沈的声音。平常，不是接到由公卿传喩的神旨，就是公卿自己伪作的敕旨，亲耳听到天皇的口喩，对庆喜是很珍贵的经验；而不经由公卿，却是天皇自己冲囗而出下旨，也可看出宫中的狼狈混乱。
庆喜退出，在走廊上有数位年轻的公卿紧追著他，要问他战况如何？需不需要撤走？庆喜驻足答道：“只要有我庆喜在，一定守护宫中贵人，请勿过虑！”庆喜一向讲话就像在背台词，声调高低起伏，讲求抑扬顿挫，在这时却颇有使这些公卿心安的镇静效果。
庆喜从御台所门，进入中立卖御门对面的菊亭卿房内，平常庆喜都在这里更衣改装，此时，他作战的甲胄都已经送到了。
庆喜头上戴著黑帽子，帽缘卷有紫练绫，身著白底黑葵纹的阵羽织战甲，腰配熊皮刀鞘，镀金大刀，手把处都附有金饰。从公卿门跨上马匹，向蛤御门飞奔而去，马头还戴有银币的马饰，随行的有原市之进等近侍十人，床几队百人，讲武所小筒组五十人、游击队一百五十人，别手组百人、步兵队百人，又有闲杂人二百人、炮队十馀人随行在后。
战斗大概在淸晨六点激烈地展开了。一时之间，在蛤御门被长州军占了上风，接著双方便互相开炮，在皇城内外短兵相接，会津兵逐渐败退，筑前福冈兵也弃阵线溃走，庆喜便直接上阵，领头向前，事实上一桥兵并不强，不过有振奋士气的功用。最厉害的还是西乡吉之助所率领的萨兵，进退有序，比起其他藩的军队，让人一看即知。战局过半后，情势逐渐明朗，最后萨摩队给予长州军致命的一击，长州军终于退走。
到了中午，战争接近结束，剩下市区的扫荡战，庆喜回到御所前休息，此时，原市之进去询问了众公卿的看法，大多数认为是靠庆喜的将才与萨兵的勇敢，此役才能得胜，不久这种说法逐渐扩大，成为世间定评，原市之进认为如果要给这场战果评分，一桥与萨摩大概各可得五十分。